Первый Богородицкий музей, культурно-исторический, возник в залах национализированного дворца графов Бобринских в конце 1918 года. В 1925 году, после окончания гражданской войны, когда во дворце стояли войска внутренней охраны, музей «оказался свернутым», а судьба имущества, за исключением нескольких вещей, остается неизвестна.
В 1975 году в восстановленном из послевоенных руин дворце открылся филиал Тульского областного художественного музея, который занимался в основном организацией выставок в Домах культуры.
Управление культуры Тулоблисполкома сочло «целесообразным разместить в здании дворца, после реставрационных работ, историко-художественный музей», объединив филиал областного художественного музея и Богородицкий краеведческий музей, открытый ещё 26 декабря 1964 года в здании бывшей городской бани. Однако объединение произошло несколько раньше планируемого, так как в феврале 1979 года в Богородицком краеведческом музее лопнули батареи отопления, и все коллекции спешно перевезли во дворец, не дожидаясь окончания реставрации.
29 июля 1980 года Тулоблисполком разрешил открыть на базе Богородицкого краеведческого музея с включением филиала Тульского областного художественного музея Богородицкий историко-художественный музей. Во дворце работали выставки из собственных фондов, из фондов музеев Тульской области и Республиканского центра художественных выставок “Росизопропаганда”.
10 июля 2012 года Богородицкий дворец-музеи и парк с муниципального перешел на баланс областного бюджета, теперь он стал государственным бюджетным учреждением культуры Тульской области. А с 1 января 2013 года на правах филиала вошел в состав Государственного учреждения культуры Тульской области ″Объединение «Историко-краеведческий и художественный музей»″.